Há mais de meio século, precisamente em 15 de julho de 1948, o então Ministério da Guerra criou o Comando de Elementos de Fronteira, nesta cidade de Manaus, por transformação do Comando dos Destacamentos de Fronteira, com jurisdição sobre os Estados do Pará e Amazonas e os Territórios do Acre, Amapá, Rondônia e Roraima. Com o crescimento da prioridade atribuída à área, foi criado em Belém o Comando Militar da Amazônia e, em 1969, transferido para Manaus reunindo-se a este Comando da 12ª Região Militar, então criada.
Está sediada na cidade de Manaus, no maior estado da federação brasileira, o Amazonas. Abrange, além do Amazonas, o Acre, Roraima e Rondônia.